Город Боготол является городским округом, расположен по обе стороны Транссибирской железнодорожной магистрали.

Город Боготол является городским округом, расположен по обе стороны Транссибирской железнодорожной магистрали, в 6 км к северу от реки Чулым и в 252 км к западу от Красноярска. Город является также центром Боготольского района. Площадь Боготола составляет 6 091 га. Основные внешние автомобильные связи города Боготола осуществляются по трассам федерального значения М-53 «Байкал» и краевого значения Боготол — Тюхтет.

Город расположен в Ачинской лесостепи. В границах населенного пункта есть залежи бурого угля, месторождения золота, белой глины, песка, известняка, гранита.

Боготол расположен в резко континентальном климате и в умеренно прохладной, достаточно увлажненной зоне. Абсолютный температурный минимум зимой может составить минус 53 °С, а абсолютный максимум летом +38 °С.